Фінансування ДПС України здійснюється відповідно до Порядку складання, розгляду, затвердження та основних вимог до виконання кошторисів бюджетних установ, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 28.02.2002 № 228 (зі змінами).
Обсяг видатків згідно з розписом Державного бюджету України на січень-грудень 2019 року на утримання Державної податкової служби України за бюджетною програмою 3507010 «Керівництво та управління у сфері фіскальної політики» загального фонду бюджету складає 1 792 934,2 тис. гривень.
Станом на 01.01.2020 органи Державної податкової служби України профінансовані відповідно до затверджених кошторисних призначень за загальним фондом на 100 відсотків.