Фінансування ДПС України здійснюється відповідно до Порядку складання, розгляду, затвердження та основних вимог до виконання кошторисів бюджетних установ, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 28.02.2002 № 228 (зі змінами).
Обсяг видатків згідно з розписом Державного бюджету України на січень-листопад 2020 року на утримання Державної податкової служби України за бюджетною програмою 3507010 «Керівництво та управління у сфері податкової політики» загального фонду бюджету складає 6939 514,3 тис. гривень.
Станом на 01.12.2020 органи Державної податкової служби України профінансовані відповідно до затверджених кошторисних призначень за загальним фондом на 98,3 відсотка.